校产经营管理公司为学校直属二级部门。前身是校办产业管理办公室，当时所管辖中药试验场、制药厂、印刷厂、饮料厂、劳动服务公司、杏林宾馆，并负责东明路校区周边产业的经营开发管理等。2000年，学校对校办企业管理体制和运行机制进行改革，成立“河南中医学院校办产业公司” ，主要负责东风路校区土地的管理、开发和对外经营等职能。2010年，学校对东风路校区进行资源整合，公司管理经营东风路校区的一部分土地资源。2017年，公司更名为“校产经营管理公司”，下设河南中医药大学企业管理有限公司，公司的主要职责为学校部分国有资产的经营管理工作。
公司现设有党政办公室、租赁科、财务科、服务保障科、市场开发部五个科室，教职工12名，其中处级干部4名，正科级干部3名，副科级干部1名，科员4名。
校产经营管理公司自成立以来，紧紧围绕学校发展规划和工作部署，坚持艰苦创业，与时俱进，开拓创新，科学谋划，积极发展，在服务社会、市场化运作上不断探索，取得了一定的成绩。在后续的发展中，校产经营管理公司将继续秉承“积极发展、规范管理、改革创新”的精神，努力实现我校产业新谋划、新跨跃、新发展，开创公司发展新局面。
