校产经营管理公司为学校直属二级部门。前身是校办产业管理办公室，当时所管辖中药试验场、制药厂、印刷厂、饮料厂、劳动服务公司、杏林宾馆，并负责东明路校区周边产业的经营开发管理等。2000年，学校对校办企业管理体制和运行机制进行改革，成立“河南中医学院校办产业公司” ，主要负责东风路校区土地的管理、开发和对外经营等职能。2010年，学校对东风路校区进行资源整合，公司管理经营东风路校区的一部分土地资源。2017年，公司更名为“校产经营管理公司”，下设河南中医药大学企业管理有限公司，公司的主要职责为负责学校科技成果转化和部分国有资产的经营管理工作。
公司现设有党政办公室、租赁科、财务科、服务保障科、市场开发部五个科室，教职工14名，其中处级干部3名，正科级干部4名，副科级干部1名，科员6名。
校产经营管理公司自成立以来，紧紧围绕学校发展规划和工作部署，坚持艰苦创业，与时俱进，开拓创新，科学谋划，积极发展，在服务社会、市场化运作上不断探索，取得了一定的成绩。在后续的发展中，校产经营管理公司将继续秉承“积极发展、规范管理、改革创新”的精神，努力实现我校产业新谋划、新跨跃、新发展，开创公司发展新局面。
